本罪与一般生产、销售不符合卫生指标食品行为的界限。一是主观要点不尽相同。前者行为人在主观上都是出于故意，而且具备牟利目的；而后者在主观上是不是出于故意还是过失，有无牟利目的，均不影响其构成。二是情节是不是紧急不同。前者具备“足以导致紧急食物中毒事故或其他紧急食源性疾患”，或“对人体健康导致紧急风险”等情节；而后者则不具备这类情节。三是风险社会程度不同。前者紧急侵犯食品卫生管理规范，风险不特定多数人的健康权利甚至生命安全，对社会风险较大；而后者一般仅给食品卫生管理规范和买家健康权利导致肯定侵害，对社会风险相对较小。
本罪与生产、销售有毒有害食品罪的界限。两罪同属食品方面的犯罪，在犯罪客体、主体及主观方面都是相同的。两罪的主要不同为：一是行为方法不同。前者在客观上表现为推行生产、销售不符合卫生指标的食品的行为。后者在客观上表现为推行在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品材料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品材料的食品的行为。二是构成标准不同。前者是危险犯，即行为生活产、销售不符合卫生指标的食品，须达到“足以导致紧急食物中毒事故或其他紧急食源性疾患”程度，才构成犯罪；后者是行为犯，即只须行为人推行了在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品材料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品材料的食品的行为，即构成犯罪既遂。三是犯罪对象不同。前者的犯罪对象范围较为广泛，其包含食品卫生法禁止生产经营的所有不符合卫生指标的食品；后者的犯罪对象仅限于有毒、有害食品。
本罪与生产、销售伪劣商品罪的界限。这两罪关系密切，并在肯定条件下发生竞合。两罪的主要不同在于：一是犯罪对象不尽相同。前者的犯罪对象是不符合卫生指标的食品，即劣质食品；后者的犯罪对象是伪劣商品，其既包含不符合卫生指标的劣质食品，也包含其他伪劣商品。这里需指出，现实日常这两种犯罪所指向的对象在形式上可能相同，从而决定了两罪在本质上的界限。二是行为方法不尽相同。前者在客观上表现为推行了生产、销售不符合卫生指标的食品的行为；后者在客观上则表现为在商品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好或以不合格商品冒充合格商品并予以销售的行为。三是构成标准不同。前者是“危险犯”，只须行为生活产、销售伪劣商品不符合卫生指标的食品，足以导致紧急食物中毒事故或者紧急食源性疾患的，即构成犯罪；后者是“结果犯”，行为生活产、销售伪劣商品销售金额应达到5万元以上的，才构成犯罪。